Vào thế kỷ 17, giới tinh hoa Bồ Đào Nha bắt đầu nhận ra rằng liên minh mang lại nhiều thiệt hại cho đất nước của họ hơn là lợi ích. Điều này không chỉ liên quan và không nhiều với sự suy giảm thái độ của quốc vương cầm quyền đối với Bồ Đào Nha, mà với việc các thuộc địa Bồ Đào Nha trở thành mục tiêu chính của nhiều kẻ thù của Tây Ban Nha, và người Tây Ban Nha không tỏ ra sốt sắng trong việc phòng thủ. Khoảng cách kinh tế với Anh đặc biệt gay gắt, điều này đã duy trì mối quan hệ chặt chẽ với Bồ Đào Nha kể từ thời Hiệp ước Windsor.

Nổi loạn chống lại Felipe II, Hà Lan chiếm giữ Ceylon của Bồ Đào Nha, khu vực phía bắc của Brasil và Luanda ở Angola. Sau đó, Pháp đổ bộ vào Brasil. Hàng loạt tổn thất của các thuộc địa đã tràn ngập sự kiên nhẫn của giới quý tộc Bồ Đào Nha. Một phong trào đã bắt đầu khôi phục độc lập. Cháu trai của Nữ công tước xứ Bragança được tuyên bố là vua dưới tên Juan IV, và người Tây Ban Nha đã thua Chiến tranh phục hồi Bồ Đào Nha trong vòng 28 năm (1640–1668). Liên minh đã bị giải thể và triều đại Bragança lên ngôi vua Bồ Đào Nha.